地球生物基因组计划已对3000个基因组测序—新闻—科学网-米乐m6棋牌官网

6年前的11月，科学家发起了一项雄心勃勃的计划——地球生物基因组计划（ebp），对大约167万种植物、动物、真菌和其他微生物（基本上都是已知的真核生物或者具有复杂细胞的物种）基因组进行测序。这项研究耗资47亿美元、耗时10年，但该项目的负责人认为，拥有如此多的完整dna序列将阐明生命的进化过程，有助于保护环境、改善农业，甚至有助于人类健康。

收集物种（如芬兰的蝴蝶）进行测序的挑战迫使ebp缩小了目标。图片来源：niina kiljunen

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目前来看，ebp远没有筹集到必要的数十亿美元，并且比原计划落后了好几年。但正如组织者在近日结束的一次会议上所明确表示的那样，这已经不再是纯粹的愿望。到目前为止，该项目的全球米乐app官网下载的合作伙伴对1060个真核家族的3000个基因组进行了测序，并表示他们有望在2026年达到1万个物种——这是该计划第一阶段的目标。 

“在过去的两年里，通过努力，我们完成的基因组数量翻了一倍。”该项目的架构师之一、美国亚利桑那州立大学（ebp秘书处所在地）的基因组学家harris lewin说。项目负责人现在希望到2032年实现167万个物种的目标，而且由于目前dna测序的速度更快、成本更低、准确性更高，实现这一目标所需的费用比之前预测的要低数亿美元。

第一阶段工作目前预计花费2.65亿美元，不到最初估计的一半。未参与这项该计划的美国克莱姆森大学的进化生态学家antonio baeza表示，这项投资将获得惊人的回报。“在某种程度上，我们都参与了这个项目，因为我们都会从中受益。”

lewin等人在2017年的一次会议上宣布了ebp的基本框架，15个国家迅速签署了协议。据lewin说，到目前为止，来自六大洲28个国家的科学家参与了该计划。总的来说，ebp有58个“分支机构”，其中一些对特定的分类群进行测序，一些专注于本地和区域物种，还有一些根据保护或农业需求选择物种。每个分支机构都有自己的资金和物种清单，依靠ebp制定基因组质量标准，制定测序方案，避免重复工作。

lewin说，事实上，对于ebp第二阶段计划的15万个基因组，科学家希望产生非常详细的“参考”基因组，而不是最初设想的18万个草图。

目前，与ebp相关的测序工作每周大约能产生20个详细的真核生物基因组。lewin计算，为了赶上2026年第一阶段的最后期限，每周需要产生67个这样的基因组，为赶上2030年第二阶段的最后期限，则需要每周产生721个基因组。因此，该项目的首要目标是在更多地方发展基因组学专业知识和测序能力。

偏远贫困地区的动植物往往是保护和研究需求最大的，它们的测序频率却较低。baeza说：“ebp的发展几乎没有全球南方国家的参与。”

ebp设立了两个委员会，以解决伦理、法律、多样性和包容性方面的问题，并帮助在整个世界——而不仅仅是富裕国家，实现数据、技术和专长的公平分配。

为了帮助弥补一些差距，英国维康桑格研究所开发了一个原型便携式dna测序实验室，大小相当于一个9米长的运输集装箱，可以将先进的测序技术带到缺乏这种技术的国家。“现在我们正在寻找资方来支持这个想法。”维康桑格研究所的进化生物学家 mark blaxter说，每个实验室安装和运行3年的成本大约为550万美元。他希望各分支机构能至少申请30个这样的实验室，并表示如果每个项目每年对1000到3000个基因组进行测序，那么第二阶段的目标就可以实现。

ebp仍然需要数十亿美元资金，而要成功地对所有真核生物进行测序，它显然面临着更多的挑战。但是参与其中的研究人员认为，即使它只破译了预期基因组的1%，“也能对人们关于生物多样性和生态系统的理解作出重大贡献”。