犬种表型的多样性以及犬和人类相关的遗传疾病风险,使犬类成为研究复杂性状遗传基础和人类生物医学模型的理想对象。国际合作项目dog10k旨在揭示犬类的表型多样性、疾病、行为和驯化历史的遗传基础。为了更好地展示与利用这些数据,中国科学院昆明动物研究所王国栋学科组等建立了综合性犬类多组学数据库——dog10k数据库。
dog10k数据库整合了1,987只犬类基因组的单核苷酸变异、43个犬种的新发突变、105,057个海马的单核转录组数据、74,067个白细胞的单细胞转录组数据以及30个在已发表犬科研究中获取的不同年龄的血液转录组样本。该数据库提供了可视化、统计分析、浏览、搜索和下载等功能。同时,该数据库整合了3种分析工具即selscan、liftover和ageconversion,以帮助研究人员定制化地分析组学数据。
dog10k数据库将为分析、展示和利用犬类多组学数据提供基础性平台,有助于推动复杂性状及遗传疾病相关研究,促进学术合作与研究成果共享。
近日,相关研究成果以dog10k: an integrated dog10k database summarizing canine multi-omics为题,发表在《核酸研究》(nucleic acids research)上。研究工作得到国家自然科学基金、科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目、昆明市“春城计划”等的支持。(来源:中国科学院昆明动物研究所)
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